มูลนิธิโครงการหลวงดำเนินงานภายใต้แผนกลยุทธ์ เพื่อเป็นกรอบทิศทางการปฏิบัติงานให้เกิดความชัดเจน และต่อเนื่อง เป็นไปตามพระราชประสงค์ของพระบาทสมเด็จพระบรมชนกาธิเบศร มหาภูมิพลอดุลยเดชมหาราช บรมนาถบพิตร ในการพระราชทานมูลนิธิโครงการหลวง และพระบรมราโชบาย สืบสาน รักษา ต่อยอด ของพระบาทสมเด็จพระเจ้าอยู่หัว ให้งานของมูลนิธิโครงการหลวงเกิดประโยชน์ทั้งต่อ ชาวเขา ชาวเรา และชาวโลก สอดคล้องไปกับแผนยุทธศาสตร์ชาติ และเป้าหมายการพัฒนาที่ยั่งยืน หรือ SDGs ผลงานในปีงบประมาณ 2565 ประสบผลสำเร็จในการวิจัยพันธุ์พืช 18 ชนิด 40 สายพันธุ์ โดยเฉพาะการขยายพื้นที่ส่งเสริมสตรอว์เบอร์รีพันธุ์พระราชทาน 88 และ 89 การพัฒนาผลิตภัณฑ์กาแฟโครงการหลวง ต้นแบบผ้าทอกัญชงผสมเส้นใยธรรมชาติ ชีวภัณฑ์เพื่อกำจัดศัตรูพืช โดยผลงานวิจัยได้ขยายไปยังเกษตรกรที่อาศัยในพื้นที่สูงอื่นในประเทศ จากการส่งเสริมการผลิตพืชและสัตว์บนพื้นที่สูง ทำให้เกษตรกรในพื้นที่ดำเนินงานของมูลนิธิโครงการหลวงมีรายได้สูงกว่าเส้นความยากจนทุกพื้นที่ นอกจากนี้ โครงการหลวงยังเป็นศูนย์กลางประสานงานกับหน่วยงานภาครัฐในการนำระบบสาธารณูปโภค โครงสร้างปัจจัยพื้นฐานเข้าไปยังพื้นที่ห่างไกลและขาดแคลน ทำให้ราษฎรในวงเขตพื้นที่มีความเป็นอยู่ดีขึ้น มีความสะดวกในการเดินทาง สามารถเข้าถึงระบบสาธารณสุขขั้นพื้นฐาน และยังมีโครงการอย่างต่อเนื่องในการเสริมสร้างจิตสำนึกเยาวชนรักษ์ บ้านเกิด มีความรู้ด้านการเกษตรที่ปลอดภัย เป็นมิตรกับสิ่งแวดล้อม งบประมาณที่มูลนิธิโครงการหลวงได้รับสนับสนุนจากรัฐบาลนั้นได้ถูกนำไปใช้ในการสร้างบุคลากรด้านการวิจัยและพัฒนาพื้นที่สูง เกิดผลงานที่ส่งผลในการพัฒนาภาพรวมของประเทศ และยังก่อเกิดผลิตผลเมืองหนาวที่ช่วยประเทศในการลดการนำเข้า และเกิดระบบการผลิตบนมาตรฐานอาหารปลอดภัย

สำหรับการจัดทำแผนกลยุทธ์ปีงบประมาณ 2566 เป็นการต่อยอดการดำเนินงานที่มุ่งเน้นคุณภาพ เกิดประสิทธิภาพและประสิทธิผลเป็นรูปธรรม ภายใต้นโยบายการประหยัดงบประมาณ ส่งประโยชน์ไปถึงประชาชนทุกกลุ่มในประเทศ พร้อมทั้งมุ่งเผยแพร่แนวทางพัฒนาพื้นที่สูงแบบโครงการหลวงที่ได้รับพระราชทานต่อไปยังนานาชาติ เกิดประโยชน์สอดรับเป้าหมายการพัฒนาที่ยั่งยืนของสหประชาชาติ ภายใต้ 6 แผนกลยุทธ์ คือ

1. กลยุทธ์การวิจัย พัฒนานวัตกรรมที่สร้างรายได้ พัฒนาชุมชน รักษาสิ่งแวดล้อม
2. กลยุทธ์ขับเคลื่อนการจัดตั้งสถาบันการเรียนรู้ การพัฒนาทางเลือกบนพื้นที่สูงขยายผลในระดับชาติและนานาชาติ
3. กลยุทธ์การพัฒนาชุมชนอยู่ดี มีสุข รักษาสิ่งแวดล้อม ตามแนวทางโครงการหลวงโมเดล
4. กลยุทธ์เสริมสร้างอาชีพ และกระจายรายได้ระดับครัวเรือน และต่อยอดภูมิปัญญาท้องถิ่น
5. กลยุทธ์การพัฒนาระบบจัดการผลิตผลผลิตภัณฑ์ที่ตอบสนองตรงความต้องการของตลาด 
6. กลยุทธ์การพัฒนาระบบบริหารงาน งบประมาณ และบุคลากรของมูลนิธิโครงการหลวงให้มีคุณธรรม เป็นจิตอาสา และเป็นมืออาชีพเพื่อนำไปสู่การพึ่งตนเอง และมีความยั่งยืน